2016年7月12日，国际仲裁庭在海牙做出南海仲裁案裁决，认定中国南海“九段线”无法获得合法或历史性权利，中国方面对此表示强烈不满，中菲关系随之紧张。

2016年10月20日，中国国家主席习近平与菲律宾总统杜特尔特在北京会面，两国达成了提升双边关系的共识，包括恢复对话合作机制、开展智库交流等。此后，中菲关系开始迎来了巨大的变化。

2017年5月14日，杜特尔特访问北京，与习近平总书记进行了会谈。两国政府签署了《中菲合作框架计划》，宣布进一步加强共建“一带一路”、共同开发南海、人文交流和反恐等领域的合作。

2018年4月10日，两国签署了《关于暂停南海有关争议的谈判机制的联合声明》，该谈判机制自2013年起存在，但未能解决南海问题。中菲两国同意通过谈判和协商解决南海有关争议，维护地区和平稳定。

2018年11月18日，习近平主席和杜特尔特总统在巴厘岛亚太经合组织（APEC）峰会期间进行了双边会晤。两国领导人一致同意，愿意通过合作加强中菲关系，共同促进地区和平、稳定和繁荣。

总之，近年来，中菲双方在政治、经济和人文等方面的交流合作不断加深，关系稳步发展。