1. 回收肥料难度大。在发酵牛粪的过程中，牛粪被疏松分解后形成堆肥，很难直接使用在农田上，需要经过进一步的堆肥处理才能使用，这增加了处理成本。

2. 养殖环境不稳定。发酵床的环境会随发酵程度的不同而变化，如温度、湿度、氧气含量等，这对牛的健康和生长影响较大。

3. 发酵床的维护和管理较为复杂。需要对发酵床进行定期的加水、翻堆等操作，否则容易出现发酵不完全或者发生沉淀等问题，影响养殖效果。

4. 需要大量的空间。发酵床养殖需要一个专门的场地，相比土地养殖，需要更多的空间。

5. 存在臭气污染问题。由于大量牛粪的堆积和发酵，会产生刺鼻的臭气，对周边环境和居民健康造成影响。